Важное значение для перестройки уфимского ИНО в пединститут имело постановление Наркомпроса РСФСР от 21 августа 1929 г. "Об улучшении сети и структуры вузов РСФСР на 1929/1930 учебный год", в котором конкретно определялась структура пединститутов, обращалось внимание на выполнение предусмотренных Минпросом РСФСР программ и планов прохождения соответствующих курсов студентами.

В условиях ускоренного решения основных задач культурного строительства необходимо было дальше улучшить подготовку педагогических кадров, а это требовало внесения определенных изменений в структуру педвузов. В 1930 г. была произведена перестройка структуры Башкирского пединститута. С 1 октября 1930 г. вместо бывших циклов и отделов организовывались кафедры. Всего в пединституте открылось 14 кафедр: литературы и языкознания, башкирского языка и литературы, истории, методики естествознания, высшей математики, химии, ботаники, зоологии. Отделений стало шесть: физико-техническое, естественное, литературное, методолого-педагогическое, общественно-экономическое и "с целью подготовки квалифицированных работников из башкир и татар для средних школ и техникумов" в том же году было основано отделение башкирского языка и литературы. Кафедры института возглавили опытные педагоги: С.А. Баранов - кафедру ботаники, Е.Н. Грибанов - кафедру физики, М.В. Красносельцев - кафедру высшей математики, В.Н. Басов - кафедру педагогики. Первым заведующим кафедрой башкирского языка и литературы, открытой 20 октября 1930 г., стал профессор Л.Н. Воробьев, выпускник Лазаревского института восточных языков, а с января 1931 г. возглавил эту кафедру З.Ш. Шакиров, с октября того же года Г.Я. Давлетшин. А что касается вновь созданного отделения башкирского языка и литературы, то им руководил языковед Г.К. Габдуллин.

Тогда же произошли изменения и в руководстве Башкирским пединститутом. По распоряжению Главпрофобра Наркомпроса РСФСР от 24 января 1930 г. в БГПИ было распущено Правление института и создан Совет института в составе 28 человек. Должность ректора института была переименована в директора, проректора - в помощника директора. С 1 апреля 1930 г. коллегия Башнаркомпроса освободила Ш.Х. Сюнчелея от занимаемой должности ректора института в связи с его поступлением в аспирантуру одного из вузов г. Москвы. Временно директором был назначен Ю.Т. Ольман. Затем эту обязанность с 11 мая 1930 г. исполнял Х. Абунагимов, и, наконец, с 22 августа 1931 г. директором Башкирского пединститута был назначен профессор Шамси Садриевич Абзанов, который занимал эту должность до 25 марта 1935 г. Он родился в 1895 г. в Янаульском районе, окончил Московский институт народного хозяйства им. Плеханова и высшие педагогические курсы при нем, обучался в институте Красной профессуры. Начал работать в БГПИ с 1931 г. в должности заведующего кафедрой географии. Ш.С. Абзанов отдал много сил оживлению научно-исследовательской работы в первом вузе Башкирской республики.

В дальнейшем Башкирский пединститут, в условиях роста потребности в педагогических кадрах, все более и более расширялся. С 1 января 1931 г. в институте был организован заочный педвуз. В том же 1931 г. начал функционировать вечерний сектор пединститута с четырьмя отделениями: математическое, химическое, дошкольное, татарского языка и литературы. По данным того же года на вечернем секторе обучалось 49 человек. Открытие этих отделений было продиктовано необходимостью расширения подготовки учительских кадров в условиях начального всеобуча, ликвидации неграмотности взрослого населения. Из этих же соображений Башнаркомпрос на своем заседании от 13 марта 1931 г. принял решение о значительном расширении с 1932 г. заочного сектора Башпединститута. Уже в 1931/32 учебном году на этом секторе обучалось 210 человек. В то же время, так называемая башкирская подготовительная группа, была передана в сентябре 1931 г. в ведение Уфимского Рабфака.