Для дальнейшего упорядочения структуры Башкирского пединститута и улучшения в целом работы педвуза, большое значение имело постановление СНК РСФСР от 7 февраля 1931 г. "Положение о высших учебных заведениях". В нем речь шла о некоторых структурных перестройках вузов: об объединении групп родственных специальностей в циклы, отделения или факультеты. Для более эффективного руководства научной и научно-методической работой по основным дисциплинам предусматривалось повышение роли кафедр. В этом же документе было указано на необходимость организации рабфаков непосредственно при вузах.

В 1933 г. в Башкирском пединституте насчитывалось пять отделений: математическое (зав. Д.Т. Емасов), химико-биологическое (зав. И.Х. Ишмухаметов), социально-экономическое (зав. А.И. Макаров), языка и литературы (зав. И.И. Ракипов), школьно-педагогическое и дошкольное (зав. И.К. Подловченко). К этому времени отделение башкирского языка и литературы было закрыто. Всего функционировало 12 кафедр: физики (зав. Е.Н. Грибанов), математики и астрономии (Н.Е. Лузин), педологии (М.И. Мухаметов), педагогики (Н.Д. Чижов), экономики (Давыдов), языка и литературы (Г.Я. Давлетшин), химии (И.Х. Ишмухаметов), ботаники (С.А. Баранов), диамата (Б.Г. Алпаров), экономгеографии (Ш.С. Абзанов), истории (А.П. Бельковский).

В 1934 г. произошли новые изменения в структуре Башкирского пединститута. С 15 января в институте было открыто географическое отделение, развернулась работа по набору студентов на этот факультет.

В связи с недостатком учительских кадров в условиях решения важнейших задач культурной революции в 1934 г. при Башкирском пединституте был организован двухгодичный Учительский институт, дневное отделение которого просуществовало до 1952 г. Этот институт разместился в здании по ул. Гоголя, 11. В том же году на 5 факультетов Учительского института: исторический, естествознания, литературный, физико-математический и географический - было принято на учебу 158 человек. Студентов Учительского института обучали преподаватели пединститута. По данным 1938 г. в Учительском институте обучалось уже 362 студента. Первый выпуск специалистов состоялся в 1936 г. - тогда окончили это учебное заведение 132 человека, получив незаконченное высшее педагогическое образование. В числе первых выпускников УИ был и Ш.З. Гизатуллин, специалист по педагогике, в дальнейшем преподаватель БашГУ.

Продолжали функционировать вечернее отделение, где студенты специализировались по истории, географии, языку и литературе (русская и татарская группы), физике, химии и биологии, заочное отделение - по истории, языку и литературе (русская и башкирская группы), математике, физике и биологии. Вечернее отделение БГПИ было закрыто в 1940 г.

18 августа 1934 г. Башкирский пединститут перешел на факультетский принцип структурной организации. Тогда вместо существующих отделений было организовано 5 факультетов: физико-математический, естествознания, географический, языка и литературы, исторический. Деканами факультетов были назначены: физико-математического - Е.Н. Грибанов, естествознания - И.Х. Ишмухаметов, языка и литературы - А.К. Чижов, исторического - Б.Г. Султанаев, географического - Х.Х. Зайни. По данным 1934/35 учебного года в пединституте насчитывалось 13 кафедр, которыми заведовали профессора Ш.С. Абзанов, А.В. Грибанов, доценты Н.Д. Чижов, С.А. Баранов и другие.