Репрессиям подверглись профессора Ш.С. Абзанов, С.А. Покровский, А.В. Музычко, Х. Мусаев, преподаватели Г.Я. Давлетшин, Г.А. Давлетшин, С. Штабной и другие. В 1938/39 учебном году в Башкирском пединституте остался из профессоров лишь один Е.Н. Грибанов и 11 преподавателей, имеющих ученую степень кандидата наук. Тогда институту не хватало 4 профессоров, 7 доцентов, 2 старших преподавателей, 5 ассистентов, 5 преподавателей, предусмотренных штатным расписанием.

Создавала трудности в работе Башкирского пединститута частая смена его руководителей. Так в течение 1935 г., например, сменилось три директора. 25 марта Ш.С. Абзанов был направлен на другую работу, но продолжал вести занятия на географическом факультете. К исполнению обязанностей директора приступил Г.Я. Давлетшин, которого в ноябре сменил И.А. Мендельсон, проработавший в этой должности до 25 августа 1937 г. Затем директором был назначен М.Я. Янгиров, который 11 ноября 1937 г. свои обязанности сдал А.А. Еникееву. Наконец, 17 декабря 1937 г. директором Башпединститута стал С.С. Заинашев, руководивший вузом до 27 августа 1942 г.

К 1940 г. постепенно пополнялся состав профессоров и преподавателей. Тогда в пединституте научно-педагогическую работу вели 3 профессора Н.Е. Грибанов (физик), Н.Ф. Емельянов (гигиена), И.Ф. Случевский (психолог), 18 доцентов, 47 и.о. доцента и старших преподавателей, 34 ассистента и преподавателей. Среди них ведущие ученые и преподаватели Республики Д.Г. Ожиганов, Ш.Г. Хакимов, Н.Ф. Гречушников, И.Х. Ишмухаметов и другие. Тогда же, с конца 30-х - начала 40-х гг. начали свою трудовую деятельность в пединституте Д.М. Шнейдер, Г.И. Жерехов, Ш.М. Назаров, К.А. Мельников, З.И. Сираев, А.А. Цветаев, А.Х. Хашаев, В.С. Сулейманов, З.З. Валеев, Н.А. Калегина, Ф.Г. Газизов, с 1939 г. B.Г. Прокшин - доктор филологических наук, а так же Ш.Х. Чанбарисов - первый ректор БГУ.

В середине 30-х гг. в Башкирский пединститут пришли опытные преподаватели Н.Н. Гульцев, заведовавший кафедрой истории СССР, А.Н. Маслин, специалист по марксистско-ленинской философии (впоследствии - ректор ИМО в Москве), Г.К.Цветков, Г.И. Гужвенко, А.П. Ломанов - зоолог, В.С. Прокофьев - преподаватель курса марксизма - ленинизма и другие.

В начале 40-х гг. ряд преподавателей пединститута Д.Г. Ожиганов, М.Я. Соколов, Р.М. Раимов, И.Х. Ишмухаметов Н.Ф. Гречушников, Ш.Г. Хакимов, прошедшие аспирантскую подготовку в БГПИ, защитили кандидатские диссертации.