Раскрученный с осени 1929 г. репрессивный маховик так называемого "дела академика С.Ф. Платонова" затянул в свой трагический водоворот к лету 1930 г. цвет российской исторической науки (в Петербурге - С.Ф. Платонова, Н.П. Лихачева, Е.В. Тарле, Б.А. Романова, П.Г. Васенко, С.В. Рождественского, в Москве - М.К. Любавского, Ю.В. Готье, Д.Н. Егорова, А.И. Яковлева, В.И. Пичету, С.В. Бахрушнина). Это была вторая моровая полоса в истории Академии Наук- 1929- 1932 г.г. Особенность первой состоит в том, что в 1918-1923 г.г. крупнейшие русские ученые умирали с голода, а в1929-1932 г.г. их расстреливали как вредителей. Если учесть, что Академия Наук насчитывала чуть больше 40 академиков, размеры катастрофы очевидны. Дело об "академических вредителях", практически не сходившее со страниц печати, ясно показывало, что ни о каком объективном следствии "по делу Платонова-Любавского" не могло быть и речи. В атмосфере вражды и подозрительности к старой интеллигенции, открыто обвиняемой во "вредительстве", следователи ОГПУ усмотрели в группе ученых крупную контрреволюционную организацию, которая ставила своей целью ни много ни мало, а "свержение Советской власти и установление конституционно-монархического строя в стране". О том, как добывались доказательства по делу, академик Любавский оставил красноречивое свидетельство - так и оставшееся, неотправленным из ссылки письмо к прокурору СССР И.А. Акулову.

Несоответствия и несообразности контрреволюционного дела, в котором ключевую роль играли семидесятилетние академики С.Ф. Платонов и М.К. Любавский, смущали многих. Поэтому в середине следствия была организована шумная кампания по научному разоблачению контрреволюционеров. На опальных ученых была пущена волна "научного гнева" со стороны правоверных коллег. В январе 1931 г. в Ленинграде прогремела дискуссия "Классовый враг на историческом фронте". Ее стиль и характер вполне выступают даже из одного короткого пассажа, принадлежащего главным докладчикам - Г. Зайделю и М. Цвибаку: "Тарле - прямой агент антантовского империализма, находился в теснейшем союзе с германофилом монархистом Платоновым. Вместе с такими людьми, как Любавский, Лихачев и др., они составили центр контрреволюционного вредительства!" Такая поддержка широкой научной общественности придала новые силы следствию.

Можно задаться простым вопросом: "Для чего все это задумывалось?" Ответом на заданный вопрос послужила статья Сталина в октябрьском номере 1931г. журнала "Пролетарская революция и Большевик "- " О некоторых вопросах истории большевизма". В статье сформулирована программа для историков. Первая задача- переделка истории партии, затем пересмотр обшей русской и мировой истории. Что касается методологии, было сказано, что только "архивные крысы", "безнадежные бюрократы" могут заниматься поисками документов и фактов, их нужно интерпретировать с точки зрения текущего момента. Главное- это правильная установка. И, наконец, в 1936 г. публикуется инструкция по преподаванию истории в школах, ВУЗах и техникумах. Круг замкнулся и семидесятилетние академики остались вне его.

Последний период жизни М.К. Любавского был связан только с Уфой. В Институте национальной культуры Любавский проработал научным сотрудником до своей кончины с марта 1932 по 1936 г.г. и написал ряд монографий, знакомство с которыми возможно было только по специальному разрешению. Понятно, что новая история в них не нуждалась. В период Хрущевской оттепели гриф секретности с них снят, но кроме рукописи книги " Очерк башкирских восстаний в ХVII-ХVIII в.в.", однако и в середине 90-х и она стала доступной.

Несмотря на неприятности ак. М.К.Любавский был оптимистом и полон энергии, поэтому Уфимский период творчества ученого был ознаменован крупными научными достижениями. В эти годы он занимается новыми для него проблемами - историей аграрных отношений и социальных движений в дореволюционной России. Были написаны крупные, интересные по выводам монографии о вотчинниках Башкирии. "Очерки по истории башкирский восстаний XVII-XVIII вв.", где были исследованы многие из ключевых проблем истории феодальной Башкирии. Поднятый и введенный в научный оборот в этих монографиях Любавского пласт местных архивных материалов чрезвычайно повышает их значимость. Отсутствие достаточно серьезных и систематических исследований по истории феодальной Башкирии делает и сегодня особенно актуальной необходимость публикации фундаментальной монографии ученого по истории землевладения и землепользования в крае и двух подготовленных им к печати сборников докладов по социально-экономической истории Башкирии XVII-XVIII вв. М.К. Любавскому принадлежит приоритет в постановке ряда крупных проблем, изучение которых продолжается российскими исследователями в наши дни. Ученый задумывал и цикл исторических очерков по дореволюционной истории Башкирии.