Второй (1932-37 г.г.), к сожалению, не очень продолжительный этап развития Уфимского физического института начался с того, что в декабре 1932 года постановлением Башнаркомпроса он реорганизуется в научно-исследовательский институт с оставлением за УФИ обязанностей по обслуживанию только вузов и некоторых повышенного типа учебных заведений. Организация учебного процесса преподавания физики в средних учебных заведениях г. Уфы была передана выделенному из состава УФИ Центральному кабинету физики, работу которого институт координировал на общественных началах.

По этому же постановлению с 1933 года в Уфе функционировали 4 научно-исследовательские лаборатории: электрофизическая (руководитель профессор Е. Н. Грибанов), термическая (руководитель П.Г. Лавров), физико-техническая (руководитель доцент А.И. Глазырин) и химическая (руководитель профессор Е.М. Губарев). За короткий срок эти лаборатории выполнили большой объем научных исследований, в основном необходимых для нужд быстро развивающейся промышленности Башкирии.

Электрофизическая лаборатория предложила ряд практических способов восстановления электронных ламп с активированным катодом, продлевающих срок их службы и экономящих остродефицитные материалы. По заданию Геологотреста в ней были проведены исследования электрической прочности горючих сланцев Башкирии, а также изучены пьезоэлектрические свойства кварцев Зауралья и начаты исследования почв и вод Башкирии на радиоактивность.

Термическая лаборатория исследовала теплопроводность строительных материалов (с использованием прибора Лаврова), а так же определяла теплотворную способность местных горючих материалов (торф, уголь, нефть).

Физико-техническая лаборатория проводила исследования в области конструирования различных механических приборов, в том числе и демонстрационных, разрабатывала оригинальный защищенный патентом ротационный двигатель внутреннего сгорания системы Глазырина, а также ремонтировала и поверяла различные измерительные приборы.

Химическая лаборатория проводила анализы химического состава почв Башкирии, изучала инсектициды и фунгициды, а после открытия крупнейшего в Поволжье Ишимбаевского нефтяного месторождения предприняла ряд исследований окисления высокопарафинистых нефтей.

Кратко характеризуя основные успехи в работе Уфимского физического института и К.П. Краузе как его директора, нельзя недооценивать роль УФИ в возможности организации на его базе и БГПИ университета в Уфе уже в середине 30-ых годов.

Этот вопрос был тесно связан с многочисленными попытками, одних местных организаций оставить за УФИ чисто научные исследования, а других - передать имеющееся в нем оборудование уже существующим в Уфе вузам.