Сохранились два письма Наркомпроса РСФСР, в которых ставились вопросы о поддержке Уфимского физического института с перспективой создания в Уфе университета и Физико-технического института. В первом из них, датированным 1 июля 1932 г., говорилось о том, что "сектор науки Наркомпроса РСФСР считает целесообразным с 1933 года организовать на базе УФИ исследовательский Физико-технический институт в тесной связи с будущим Башкирским университетом" и предлагалось привлечь к этому внимание республиканских органов и заинтересованных хозяйственных организаций. Во втором письме, датированным 13 мая 1933 года, говорилось о том, что "намеченное расформирование УФИ нецелесообразно, так как он проводит чрезвычайно полезную работу по обслуживанию учебных заведений Уфы вплоть до вузов, изготовляет физические приборы и организует научно-исследовательские работы. Таким образом, институт является ячейкой, на базе которой во 2 пятилетке можно будет организовать физическое отделение Башкирского университета и Башкирский научно-исследовательский физико-технический институт. Просьба сохранить его в составе Башнаркомпроса".

Несмотря на все успехи и достижения в работе Уфимского физического института, участь его в первой половине 1937 г. была предрешена. Здание Центрального отделения УФИ по ул. Сталина, 19, часть которого в то время занимал так же и Педфак БГПИ, было решено предоставить областным партийным курсам. В соответствии с постановлением № 670 Башсовнаркома "О помещении для вновь организуемых областных партийных курсов" УФИ ликвидировался с передачей в 3-дневный срок научного оборудования БГПИ.

Дольше всех ликвидации и выселению из здания сопротивлялись экспериментальные мастерские А.И. Глазырина, поскольку Пединститут наотрез отказался от их содержания. Тогда другим постановлением № 1439 Башсовнаркома "О мастерских бывшего физического института" от 20 августа 1937 г. их существование признавалось совершенно нецелесообразным, и было предложено ликвидировать их немедленно.

К.П. Краузе удалось сохранить мастерскую по изготовлению физических приборов при Башнаркомпросе. Он помог А.И. Глазырину издать в 1940 г. в Башгизе уникальное даже для того времени "Методическое руководство к проведению демонстраций по механике с набором А.И. Глазырина"[?]. К сожалению, БГПИ в те годы не смог в должной мере сохранить и другие перспективные научные направления, развитые УФИ. Сотрудники Уфимского физического института рассредоточились по различным вузам, учебным заведениям и производственным организациям Уфы.

Оставаясь после ликвидации УФИ заведующим кафедрой физики Башкирского сельхозинститута, К.П. Краузе по совместительству назначается директором вновь созданного во исполнение постановления СНК Башкирской АССР от 15 апреля 1941 г. Научно-исследовательского кабинета физики при Башнаркомпросе, который работал в тесном контакте с экспериментальными физическими мастерскими. Однако, начавшаяся война, необходимость предоставления помещений эвакуированным с запада страны предприятиями, привела к ликвидации как кабинета, так и мастерских, помещения которых были переданы под склады Аптекоуправления, обслуживающего госпитали практически всего Урала.

В 1944 г. К.П. Краузе пригласили по совместительству заведовать кафедрой физики Башкирского медицинского института, где он читал лекции и проводил практические занятия. В этом же году К.П. Краузе был награжден орденом "Знак почета", а в 1945 году медалью "За доблестный труд в Великой отечественной войне 1941- 45 г.г.". В 1948 г., не желая совместительствовать, К.П. Краузе оставляет мединститут и до выхода на пенсию (в 1955 г.) продолжает заведовать кафедрой физики в сельскохозяйственном институте. В1953 г. Президиумом Верховного Совета СССР он был за выслугу лет награжден орденом Ленина.