Федеральная целевая программа "Государственной поддержки интеграции высшего образования и фундаментальной науки на 1997-2000 гг." была сформулирована в 1996 г. Однако в РБ такая интеграция фактически возникла после образования АН РБ. Можно сказать, что АН РБ начала развиваться, опираясь на накопленный научный опыт высших учебных заведений региона, отраслевых институтов и УНЦ РАН. Программы и предложения изначально предусматривали поддержку и развитие уже сложившихся направлений. Приоритетные направления научно-исследовательских работ по математике, физике, химии, гуманитарным наукам, включая языкознание, литературоведение, фольклористику, искусствознание, историю, этнологию, археологию, антропологию, педагогику, психологию, юриспруденцию, были определены с участием ведущих ученых университета. Предложения обсуждались на кафедрах вузов и соответствующих институтов АН РБ.

По направлениям сформулированы программы интеграции исследований Башгосуниверситета, институтов математики, химии, Института языка, истории и литературы УНЦ РАН и кафедр естественнонаучного и гуманитарного профилей вузов РБ до 2000 года. Наиболее активное участие ученые университета принимали в выполнении следующих научно-технических программ АН РБ:

• химические технологии, материалы и препараты;
• нефть и газ Башкортостана;
• использования потенциала биологических систем РБ;
• фундаментальные проблемы физики, математики, механики;
• физика конденсированных сред и газов;
• математическое моделирование сложных систем и их применение в н/х РБ;
• развитие машино-, приборо-, аппаратостроительные исследования;
• недра Башкортостана;
• история и культура Башкортостана;
• инновационные аспекты гуманитарного образования в Башкортостане;
• социально-экономическое и государственно-правовое развитие РБ.