Переход к рыночным отношениям в сфере экономики поставил вопрос о переоценке роли и форм организации науки. Основной задачей последних лет было укрепление и развитие новых форм организации университетской науки, адекватных рыночной экономике, активизации региональных аспектов научно-технической политики университета. Произошло значительное нарастание региональной деятельности университета по организации финансирования новых программ, обоснованию законодательной и экономической платформ, основ автономии в рамках Российской Федерации, решению вопросов развития фундаментальных исследований, сохранении вузовских научных школ, экономико-правовых основ государственного управления университетским образованием, разработке новых форм организации университетского образования, интеграции науки университета в международную сферу. Ведущую роль стали играть госбюджетные программы "Университеты России", "Конверсия", "Сохранение и развитие научного потенциала высшей школы России", "Народы России" и другие в создании обучающих технологий, органически сочетающих глубокие научные исследования с учебным процессом, в подготовке творческих высококвалифицированных специалистов, способных обеспечить современный уровень науки, техники и технологий, образовательный процесс. В рамках госбюджетных исследований нарастает тенденция умеренного сочетания проблем развития региона и Российской Федерации. Поэтому последние семь лет научные исследования характеризуются укреплением горизонтальных структур с сохранением вертикальных связей. Так, почти 30% исследований университета выполняется по заданию Академии наук РБ. К ним следует отнести работы по истории, языку и литературе РБ, природоохранным проблемам, технологии новых материалов, датчиков, праву, экономике и т.д. Практически все эти работы завершаются частичным или полным внедрением.

1) Вопросы финансирования. На сегодняшний день научная работа университета выполняется по 163 темам, из которых 134 - являются важнейшими. Финансирование было направлено на выполнение следующих программ и грантов:

• Научная программа Госкомвуза России " Университеты России" по направлениям:
• Университеты как центры образования, науки и культуры в регионе. Научные основы государственного управления развитием университетов.
• Университеты как центры фундаментальных исследований.
• Университеты как учебно-методические центры функционирования много уровневой системы образования.
• Региональная НТП Госкомвуза России "Башкортостан".
• Нефтегазовые ресурсы.
• Глубокая переработка нефти, газа, торфа, угля.
• Теоретические основы химической технологии и новые принципы управления химическими процессами.
• Государственная научно-техническая программа "Биологическое разнообразие".
• Республиканская комплексная научно-исследовательская программа "Народы России: возрождение и развитие".
• Международные проекты:
• Волны, неустойчивость и хаос в гидродинамике неньютоновских и многофазных систем.
• Нелинейные эффекты в низкоразмерных конденсированных средах.
• Организация разработки и серийного производства оборудования нового поколения для прецизионной электрохимической обработки сложнофасонных деталей инструментального производства.
• Нелинейное структурообразование в акустической кавитации.
• Программа Госкомнаца по делам Федерации и национальности России
• Возрождение и развитие тюркских народов России.