Уфимский период творчества ученого был ознаменован крупными научными достижениями. В эти годы он занимается новыми для него проблемами - историей аграрных отношений и социальных движений в дореволюционной России. Были написаны крупные, интересные по выводам монографии о вотчинниках Башкирии. "Очерки по истории башкирский восстаний XVII-XVIII вв.", где были исследованы многие из ключевых проблем истории феодальной Башкирии. Поднятый и введенный в научный оборот в этих монографиях Любавского пласт местной источниковой целины чрезвычайно повышает их значимость. Плохое состояние местной источниковой базы по истории феодальной Башкирии делает особенно актуальной необходимость публикации фундаментального исследования ученого по истории землевладения и землепользования в крае и двух подготовленных им к печати сборников докладов по социально-экономической истории Башкирии XVII-XVIII вв. М.К. Любавскому принадлежит приоритет в постановке ряда крупных проблем, изучение которых продолжается советскими исследователями в наши дни. Ученый задумал цикл исторических очерков по дореволюционной истории Башкирии.

К сожалению, все личные дела в послесталинские времена были уничтожены, однако научное наследие и пять его не опубликованных монографий сохранились. Главная из них - обзор истории русской колонизации. Что же представляла собой Башкирия к 1917 году?

Заняв Казанское царство и затем Сибирское, русские пришли в соприкосновение с тюркским племенем башкир, которые занимали земли по обоим склонам Южного Урала и вели здесь полукочевой образ жизни, занимаясь охотой, бортничеством и скотоводством. Часть башкир в то время была под непосредственной властью казанского хана и платила ему ясак мехами и медом, часть платила ясак ногайским князьям, которые со своими ордами прикочевывали в землю башкир, а часть, жившая за Уралом, платила дань сибирским ханам. Московское правительство сначала привело в покорность башкир, подвластных непосредственно казанскому хану, а затем и остальных. В самом центре их страны оно выстроило в 1586 г город Уфу, который стал первой русской колонией в этом крае, средоточием московской вооруженной силы и администрации. Здесь на пустопорожних землях были поселены московские служилые люди - дворяне и дети боярские, стрельцы, пушкари и духовенство. Все они получили неподалеку от Уфы поместья, в которых основали усадьбы, деревни и села и поселили дворовых людей (холопов и крепостных). В занятый край, изобиловавший плодородными землями, богатыми пастбищами и сенокосами, лесами и разными угодьями в них, скоро потянулись инородцы из Казанского царства и русские земледельцы из дворцовых сел. Первые стали устраиваться в качестве припущенников в отчинах башкир и сообща с ними эксплуатировать их земли и угодья, вторые - на пустопорожних землях, на диком поле, по отводу правительства. Дорожа башкирами как плательщиками ясака, составлявшего в ХVI и ХVII вв. главную статью приходного бюджета Московского государства. Правительство оберегало башкирское землевладение от перехода в другие руки и не позволяло приобретать у башкир земли в собственность, а в деле заселения русскими людьми Башкирии ограничивалось необходимым для поддержания своей власти минимумом.