Неспокойное состояние Башкирии в царствование Алексея Михайловича и Федора Алексеевича, происходившие тогда мятежи заставили Москву увеличить здесь количество русских городов и укрепленных пунктов, вместе с тем это состояние и обнаружившаяся национально-религиозная вражда к русским ограничивали самовольные вселения русских людей в Башкирию. Но в самом конце ХVII и в начале ХVIII в., несмотря на это, русские люди, преимущественно крестьяне, во множестве стали прибывать сюда и устраиваться на башкирских землях, спасаясь от тяжелых податей и повинностей у себя на родине и от преследований власти (раскольники, преступники). У них оказались известные общие интересы с мятежными башкирами, и они нашли у них приют. Правительство, так или иначе, боролось с этим явлением и возвращало беглых, но остановить их приток окончательно оказалось не в силах. С 30-х годов XVIII столетия оно даже стало принимать меры к усилению русского элемента в крае. В Башкирии были найдены медные и железные руды, разрабатывать которые правительство разрешило частью предпринимателям из русских купцов и петербургских вельмож. Они получили право приобретать для работ на этих заводах крестьян, и заводы таким образом, стали новыми русскими колониями в крае.

Так как мятежные башкиры получали помощь от соседних с ними киргизов, то для пресечения этого и для обуздания самих киргизов, которые держали в своих руках торговые пути в Среднюю Азию и Индию, русское правительство решило отгородить Башкирию от соседних степей линиями укреплений. Был выстроен город Оренбург, который стал главным военно-административным постом на этой русской окраине и вместе с тем рынком для торговли со Средней Азией. От него в разных направлениях пролегли линии крепостей по окраинам Башкирии - Самарская, Оренбургская, Верхнеяицкая и Уйская. В крепостях были поселены солдаты, казаки, разные служилые инородцы, которые получили земли поблизости. Крепости, таким образом, и здесь стали русскими колониями, одновременно и внутри Башкирии появилось несколько новых городов - крепостей. Проведение этих линий дало возможность русским крестьянам из Западной Сибири устроиться в новых слободах и селах Зауралья, в Исетской провинции.

Постройка заводов и крепостей в связи с другими мерами, ограничивавшими вольности башкир, вызвали с их стороны целый ряд восстаний и мятежных движений, прекратившихся только во второй половине 50-х годов ХVIII столетия. За это время вольная народная колонизация, естественно, должна была приостановиться. По мере усмирения восстаний началась землевладельческая колонизация Башкирии. Правительство в ХVIII в. окончательно усвоило взгляд на Башкирию как на арену русской колонизации, и потому в 1736 г. разрешило русским людям приобретать и арендовать земли у башкир - вотчинников. Разразившийся в крае Пугачевский бунт на время приостановил эту колонизацию, но по мере усмирения его с установлением в крае спокойствия, она возобновилась с новой силой. К землевладельцам с начала XIX в. присоединились государственные крестьяне, уходившие от малоземелья в Башкирию и приобретавшие здесь землю у вотчинников. В 70-х годах XIX столетия огромное количество башкирских земель было расхищено русскими чиновниками и разными предпринимателями, покупавшими их за бесценок у казны или вотчинников и при этом захватывавшими земли больше, чем следовало. Покупщики обычно перепродавали эти земли крестьянам. Закон 1881 г положил конец этому и предоставил право покупки земель у башкир - вотчинников только крестьянским обществам, уже существующим или вновь образуемым. Когда началось общее переселенческое движение из внутренних губерний Европейской России на восток, значительная часть переселенцев стала оседать в Оренбургской и Уфимской губерниях на землях башкир, и Башкирский край наполнился русскими людьми.