К 1997 году 17 проектов университета стали победителями в конкурсе грантов в областях:

• фундаментального естествознания,
• фундаментальной проблемы охраны окружающей среды и экологии человека,
• физики,
• химии,
• математики.

Ряд научных исследований выполнялся по договорам с Академией наук Республики Башкортостан по программам:

• Познание, освоение и сбережение недр РБ;
• Экология Башкортостана;
• Оптимизация использования и расширенного воспроизводства биологических ресурсов Башкортостана;
• Лекарственные растения Башкортостана, их использование и охрана;
• Проблемы биотехнологии и физико-химической биологии;
• Проблемы генетики, селекции и физиологии растений;
• Нефтехимия. Химия новых веществ и материалов;
• Полимерное материаловедение;
• Математика;
• Фундаментальные проблемы физики;
• Развитие машино-, приборо- и аппаратостроительных комплексов;
• Энергетика и ресурсосбережение;
• История и культура башкирского народа;
• Социальное, политическое, этническое и духовное развитие РБ в условиях функционирования конституций РФ и РБ и институтов Президентства РБ;
• Научные основы политики экономического и социального развития РБ в условиях государственного суверенитета;
• Правовые проблемы совершенствования хозяйственной деятельности и эффективной защиты субъектов гражданских прав;
• Математические методы моделирования сложных систем и выработка практических рекомендаций по оптимизации.

Университет принимал участие в выполнении региональной программы республики Башкортостан "Диоксин" на сумму 75 млн. руб., в выполнении археологических работ на родине Салавата Юлаева в соответствии с постановлением Совета Министров РБ.