2) Разработка проблем высшей школы. Научные исследования по проблемам высшей школы проводятся в рамках научной программы "Университеты России". По исследованиям, проведенным в университете, в рамках направления программы "Университеты как центры образования, науки и культуры в регионе. Научные основы государственного управления развитием университетов" создается организационная и функциональная модель университета в многонациональном регионе, концепция координации образовательной политики в Башгосуниверситете и регионе непрерывного образования: родной и иностранный языки в высшей и средней школе многонационального региона.

В настоящее время университет стал первым учебно-методическим центром функционирования многоуровневой системы образования РБ. Физическим, математическим и химическим факультетами разработаны и внедрены образовательно-профессиональные программы подготовки бакалавров. Вычислительным центром во взаимодействии с факультетами разработаны новые программы оболочки для компьютеризации лингвистических знаний, изучению узлов и блоков компьютеров, программ по контролю и самоконтролю знаний, использованию ЭВМ в исследовании криминалистов.

3) Международное научно-техническое сотрудничество. С 1989 года была начата работа по расширению международного научно-технического сотрудничества между БашГУ с рядом университетов и научных центров Западной Европы и США. Форма работы в последнее время становится разнообразной.

На сегодняшний день существует четыре источника финансирования международного сотрудничества: финансирование зарубежных поездок Госкомвузом России, правительством Башкортостана, международными фондами, частными фондами. Совместная научно-исследовательская работа проводится в рамках международных научно-технических проектов. Существуют прямые договора о сотрудничестве с 6 зарубежными университетами.

4) Инженерные разработки. При университете функционирует опытно-конструкторское хозрасчетное бюро "Заряд", организованное в 1990 году. В 1994 году выполнен ряд работ на хоздоговорной основе по НИОКР в соответствии с планом БашГУ. Кроме того, ОКБ "Заряд" в практической деятельности привлекает студентов БашГУ для решения вопросов программирования, математики, физики, а также подготовки кадров для собственных нужд.

К наиболее важным результатам ОКБ относятся: разработка станков для электрической и электроэрозионной обработки (данная научно-исследовательская продукция не имеет аналогов в России и СНГ, изготовлены опытные образцы станков и сопутствующего оборудования); освоение мелкосерийного производства нового семейства датчиков информационно-измерительных систем для промышленности, сельского хозяйства, менеджмента и экологического мониторинга. Большая часть работ ОКБ сопровождается глубокими фундаментальными исследованиями механизмов используемых эффектов.

5) Подготовка кадров высшей квалификации. Подготовка кандидатов наук ведется через аспирантуру в очной и заочной форме, докторов наук - только с отрывом от производства. В университете широко практикуется институт соискательства, работа над кандидатской диссертацией вне аспирантуры. Ежегодно 40-50 человек прикрепляются к кафедрам для получения консультации по теме диссертации и сдачи экзаменов кандидатского минимума.

Университет ежегодно принимает около 100 аспирантов, научное руководство которых осуществляют 68 профессоров, из них 6 академиков, 5 членов корреспондентов различных академий.

Учитывая высокий научный потенциал преподавательского состава университета, научное руководство аспирантами и соискателями ведется в основном докторами наук, в редком случае - кандидатами наук. Разрешение на научное руководство кандидатам наук, доцентам дается Советом университета в связи с тем, что по данной теме нет доктора наук. Научное руководство аспирантами осуществляется профессорами, известными своими научными школами.

В Башкирском госуниверситете с 1992 года функционирует докторантура. На сегодняшний день подготовка докторов наук ведется по следующим направлениям: социология духовной жизни, социального управления, этносоциологии; неравновесные явления в системах с пониженной размерностью; процессы выравнивания физико-химических потенциалов; актуальные проблемы философии; литература народов РФ; математическое моделирование сложных химических и биологических процессов; физика твердой земли; отечественная история.