Огромное значение для решения социально-экономических и культурных задач в многонациональной стране, в том числе и Башкирской АССР имело создание кадров национальной интеллигенции. Поэтому в союзных и автономных республиках была тогда поставлена проблема коренизации вузов. Но это дело было чрезвычайно сложным, поскольку у большинства нерусских народов, в том числе башкир, до Октябрьской революции не было своей высшей школы. К тому же уровень грамотности населения был довольно низким. Ощущалась острая нехватка национальных научных и педагогических кадров, хорошо знающих язык и обычаи народа. Отсутствовали также литература и учебники на башкирском языке. Следует также добавить, что вопрос о коренизации Башкирского пединститута встретил ожесточенное сопротивление со стороны некоторых профессоров и преподавателей. В отчете парторганизации пединститута за 1932/33 учебный год отмечалось, что "коренизация БГПИ была одной из основных задач на основе практического осуществления в жизнь решения майского Пленума обкома партии" и парторганизации вуза "пришлось вести борьбу против великодержавно-шовинистских тенденций со стороны ряда преподавателей по отношению к башкирам". О подобных фактах в те годы писала и пресса.

Но эти трудности постепенно преодолевались. Уже в 1931 г. партячейка БГПИ поставила задачу: "При приеме в вуз строго придерживаться национального принципа. Довести прием коренной национальности - башкир до 50 процентов". Для этой же цели в районах с преобладающим башкирским населением были открыты курсы по подготовке в вуз. Такой курс, например, в 1931 г. действовал в Баймакском районе, где обучалось 25 человек, окончивших 7 классов.

Занятия со слушателями курса вели командированные из БГПИ преподаватели и местные учителя с высшим образованием. В итоге в 1933-1935 гг. были достигнуты в пединституте значительные успехи в деле подготовки высококвалифицированных специалистов из башкир. Если в 1929/30 учебном году башкиры составляли лишь 7% всех, студентов института, то в 1931/32 учебном году доля представителей коренного населения достигла 38 %. А в 1933/34 учебном году башкиры составляли уже 60% студентов (русские - 10, татары - 26, прочие - 4).

Постепенно повышалась и численность выпускников пединститута из башкир. Если башкиры в 1929/30 учебном году составляли лишь 5% выпускников, то в 1934 году доля башкир повысилась до 24%.

Но в дальнейшем, после 1937 г. численность студентов из башкир пошла на резкое снижение. По данным 1939 г. на 1 ноября в Башкирском пединституте на 5-ти факультетах обучалось всего 83 башкира, русских - 461, татар - 132 и прочих - 65, т.е. башкиры составляли только 11% контингента студентов.

Индустриальное развитие республики, очевидные успехи в подъеме культуры способствовали дальнейшему развитию высшего образования в Башкирской АССР. К середине 30-х гг. вузы не только Башкирской АССР, но и страны в целом значительно окрепли, в среде студентов стали преобладать выходцы из рабочей и крестьянской среды. Эти перемены нашли свое отражение в постановлении ЦИК и СНК СССР от 29 декабря 1935 г. об отмене установленных при допущении к испытаниям и приеме в вузы ограничении, связанных с социальным происхождением лиц, поступающих в учебные заведения. Вузам предписывалось принимать на учебу всех граждан, выдержавших установленные для поступающих испытания.