Новый порядок комплектования вузов, вопросы улучшения организационно-хозяйственной деятельности вузовского руководства были в развернутом виде изложены в постановлении ЦК ВКП(б) и СНК СССР от 23 июня 1936 г. "О работе высших учебных заведений и о руководстве высшей школой". В соответствии с постановлением во всех вузах страны были установлены единый регламент и порядок работы. В основу организации учебного процесса было положено твердое расписание. Вся подготовка и организация приема, а также ответственность за приемные испытания возлагались на директора вуза, под председательством которого создавалась приемная комиссия. В организации учебной работы закреплялись три основные формы: лекции, практические занятия и производственная практика; основное внимание обращалось на организацию самостоятельной работы студентов; отменялся текущий учет успеваемости, и устанавливались единые формы учета успеваемости - экзамены по лекционным курсам и зачеты по практическим занятиям.

Улучшению всей работы вузов в немалой степени способствовало первое Всесоюзное совещание работников высшей школы, состоявшееся в мае 1938 г. Совещание констатировало, что реорганизация вузов в основном завершена и что они построены "применительно к потребностям социалистического государства".

В те годы в Башкирском пединституте, педагогические поиски направлялись на то, чтобы дальше совершенствовать учебный процесс, чтобы студенты приобщались к самостоятельной работе, развивали свои творческие силы. Притом учебные работы сочетались с активным "идейно-политическим воспитанием" студентов. В этом деле допускались явные перегибы, связанные с культом личности Сталина и с теми поисками и "разоблачениями" "врагов народа", которые коснулись и Башкирского пединститута.

Предвоенные годы наложили отпечаток на всю деятельность пединститута, на процесс учебно-воспитательной работы со студентами. Обращалось больше внимания на военную и физическую подготовку студентов. В 1938 г. в соответствии с приказом ВКВШ при СНК СССР от 27 апреля 1938 г. студенты должны были пройти стрелковую подготовку. 3 мая 1938 г. СНК СССР и ЦК ВКП(б) приняли постановление о введении ежедневной утренней зарядки для всех студентов, проживающих в общежитиях. В Башкирском пединституте стали возникать кружки и группы, связанные с подготовкой будущих защитников Родины. Так, с 15 апреля 1940 г. в институте была сформирована группа по подготовке автоводителей, численностью в 21 человек. В апреле того же года в БГПИ развернулось межфакультетское соревнование по оборонно-массовой и физкультурной работе за переходящее военно-оборонное Красное Знамя.

Необходимостью укрепления обороноспособности страны было продиктовано и постановление СНК СССР от 3 октября 1940 г. "Об установлении платности обучения в старших классах средних школ и высших учебных заведениях СССР и об изменении порядка назначения стипендии". В соответствии с этим постановлением в 1940/41 учебном году на всех факультетах БГПИ было введено платное обучение. Студенты очного отделения за учебу должны были внести взнос в сумме 300 руб. в год, заочники - 150 руб. Естественно, не все студенты были в состоянии платить за учебу. Поэтому сразу же после появления приказа о плате за обучение 22 студента пединститута прекратили занятия, ушли из вуза.