Вопрос об организации вуза в Башкортостане, его будущий профиль широко обсуждались на страницах печати общественностью республики. Существование в Уфе института народного образования, потребности культурного строительства диктовали необходимость открытия в Башкирской АССР в первую очередь педагогического вуза. К тому же реальные условия республики, а именно отсутствие высококвалифицированных специалистов профессоров и доцентов, слабость научной и материально-технической базы существующего Уфимского ИНО и другие причины не позволяли открыть многопрофильный университет. Ссылаясь на эти трудности, председатель шефского комитета по оказанию помощи БАССР со стороны Московской сельскохозяйственной академии им. К.А. Тимирязева, академик В.Р. Вильямс не поддержал идею создания в Башкортостане университета и высказался за открытие двух самостоятельно существующих вузов - педагогического и сельскохозяйственного.

Таким образом, этот важнейший вопрос, связанный с решением основных задач социально-экономического и культурного развития Башкирской АССР, был решен в пользу создания педагогического института на базе Уфимского ИНО. Постановлением СНК РСФСР от 9 марта 1929 г. Уфимский институт народного образования был реорганизован в Башкирский государственный пединститут с сохранением имени К.А. Тимирязева.

17 апреля 1929 г. состоялось первое заседание комиссии при Наркомпросе БАССР по реогранизации Уфимского ИНО в педвуз, в состав которой вошли представители Башнаркомпроса, Башгосплана, Рабпроса и Уфимского ИНО. Последнего представляли Ш.С. Сюнчелей, первый ректор пединститута, и П.С. Белоруссов. По решению этой комиссии Башкирский пединститут им. К.А. Тимирязева должен был состоять из четырех отделений: физико-технического, естествознания, литературно-лингвистического с двумя секциями - русской и башкирской и общественно-экономического. Заседание утвердило штаты и учебные планы пединститута и смету расходов на 1929/30 учебный год в сумме 649057 руб. Также было принято решение о присоединении к Башкирскому пединституту Уфимского физического института.

Вопросы реорганизации Уфимского ИНО в педвузе обсуждались с апреля 1929 г. и на заседаниях правительственной комиссии, состоящей из представителей обкома ВКП(б), Наркомпроса БАССР и Уфимского ИНО. 20 апреля эта комиссия на своем заседании решила передать будущему вузу здание 24-ой школы, а также здание медресе "Галия" под общежитие для студентов.

Но возникли и серьезные трудности. Об этом, например, говорилось в письме народного комиссара просвещения БАССР К.А. Идельгужина народному комиссару просвещения РСФСР А.С. Бубнову. В нем указывалось, что педвуз находится на местном бюджете, который не располагает достаточным фондом для обеспечения вуза и в этой связи просил дотацию в местный бюджет по линии педвуза в объеме 252 тыс. рублей. В письме затрагивалась и проблема обеспечения вуза педагогическими кадрами, поскольку "на объявленный в июле конкурс на профессоров и преподавателей откликнулся только один профессор". Поэтому возникла необходимость воспитания собственных кадров высшей квалификации, которая без научно-исследовательской работы не могла быть решена. Помощь в организации в Башкирском пединституте научно-исследовательских работ, налаживании учебного процесса, оказала Башкирская комиссия АН СССР, руководимая известным этнографом С.И. Руденко, развернувшая свою деятельность в республике в сентябре 1929 г.