Слушатели подкурсов изучили основы марксизма - ленинизма, историю народов СССР, экономгеографию, экономику Башкирской АССР, педагогику, иностранный язык, башкирский и русский языки. Однако отсутствовала четкая специализация слушателей, подготовка носила общий характер.

Занятия со слушателями вели в основном профессора и преподаватели Башпединститута. Лица, успешно выполнившие учебный план подкурсов, направлялись в аспирантуры центральных вузов и научных учреждений страны. В 1938 г. аспирантуру Московского пединститута им. А.С. Бубнова (ныне им. В.И. Ленина) окончили С.Н. Нигматуллин и С.С. Зайнашев. Последний в дальнейшем стал директором Башпединститута, а С.Н. Нигматуллин, защитив кандидатскую диссертацию по истории, долгие годы проработал в стенах БГПИ, затем БГУ.

В 1933 г. Наркомпрос РСФСР разрешил открыть аспирантуру в 15 педвузах Российской Федерации, в том числе и в БГПИ. В том же году состоялся набор первых аспирантов по специальностям: башкирский язык и литература (2 человека) и история Башкортостана (3 человека). Однако, подготовка научно-педагогических кадров высшей квалификации в стенах пединститута натолкнулось на серьезные трудности. Прежде всего, сказывалось отсутствие ученых, способных осуществить квалифицированное руководство аспирантами. Отрицательное влияние на подготовку аспирантов оказывала слабость материально-технической базы института: бедность библиотек, недостаточность хорошо оборудованных лабораторий и кабинетов и другие. По этой причине аспирантура Башкирского пединститута была малоэффективной: аспиранты не доводили до конца свои диссертации, наблюдался большой отсев. В итоге основной формой подготовки научно-педагогических кадров для института стала целевая подготовка путем направления на учебу в аспирантуру других вузов и научных учреждений своих "выдвиженцев". Профессорско-преподавательские кадры пополнялись за счет выпускников других вузов страны, получивших соответствующую подготовку. По данным 1934 г. из 66 профессоров и преподавателей БГПИ 44 являлись выпускниками вузов гг. Москвы, Ленинграда, Казани и других. В их числе аспирантуру Московского института философии, литературы и истории прошли 4 человека, Московского университета - 9, Казанского университета - 7, Ленинградского университета - 4, научно-исследовательских институтов Москвы и Ленинграда - 3, и Институт Красной профессуры окончили 3 преподавателя.

В 1932/33 учебном году в пединституте работали 56 преподавателей, в том числе 5 профессоров - Ш.С. Абзанов, он же директор БГПИ, В.Н. Басов, специалист по педологии, Л.Н. Воробьев - современный русский язык, Е.Н. Грибанов - физик, Х. Мусаев - историк, 20 доцентов и 31 ассистент.

В дальнейшем по разным причинам ушли из Башкирского пединститута профессора Ш.С. Абзанов, Е.Н. Басов, Л.Н. Воробьев. По данным 1935 г. в стенах БГПИ трудилось 5 профессоров: А.В. Музычко - специалист по русскому языку, М.И. Мухамедов - медик по профессии, заведовал кафедрой зоологии, биолог Плотников, Е.Н. Грибанов и Х. Мусаев. С сентября 1934 г. преподавательскую работу в БГПИ вел С.А. Покровский, но он обвиненный в троцкизме, уже в 1935 г. был уволен с работы.

К середине 30-х гг., особенно после 1937 г. в Башкирском пединституте снова стал острым вопрос о профессорско-преподавательских кадрах. Это было связано с необоснованными репрессиями ряда профессоров и преподавателей пединститута.