Но в целом положение Уфимского ИНО по-прежнему оставалось неопределенным: программы курсов, учебные планы и планы приема в институт составлялись на основе педагогических вузов, но фактически это учебное заведение оставалось своеобразным педтехникумом повышенного типа. Соответственно выпускники ИНО считались специалистами с незаконченным высшим образованием.

В этих условиях партийные и советские органы БАССР продолжали упорно добиваться открытия педвуза в Уфе. В 1927 г. башкирский съезд Советов и БашСНК вновь высказались за преобразование ИНО в пединститут. К сожалению, эта просьба не сразу нашла поддержку в Москве. Но в то же время, благодаря усилиям Обкома партии и БашСНК, Наркомпрос РСФСР нашел целесообразным не считать Уфимский ИНО педтехникумом.

Материально-техническая база Уфимского ИНО была чрезвычайно слабой. Он располагался лишь в 3-х комнатах бывшего здания учительского института. Отсталые комнаты этого корпуса были заняты под лазарет до осени 1920 г. Несмотря на имеющиеся трудности, принимались меры для оборудования кабинетов. За счет экспонатов краеведческого музея оснащались биологический и геологический кабинеты. К концу 1921 г. институт располагал библиотекой, размещенной в двух комнатах, зоологическим, ботаническим, географическим и геологическим кабинетами. Началось оформление математического, анатомического и чертежно-рисовального кабинетов. В целом, на первых порах институт испытывал серьезные трудности, связанные с нехваткой учебных помещений, со слабой оснащенностью кабинетов, отсутствием общежития. Эти проблемы решались постепенно, по ходу восстановления народного хозяйства и с дальнейшим его развитием.

Постепенно, с каждым годом, укреплялась материально-техническая база Уфимского ИНО. В 1924 г. учебное заведение переселилось в здание бывшего реального училища, расположенного по улице Сазонова, 23 (ныне Коммунистическая). Но двойственное положение этого института, вернее неопределенность его статуса, создавало трудности в ходе решения хозяйственных проблем. Уфимский ИНО подчинялся Наркомпросу БАССР и находился на местном бюджете, который не располагал достаточным фондом для обеспечения института. Руководство ИНО в своих отчетах упорно доказывало, что "здание института нуждается в ремонте", что "не хватает дров для отопления" и в этой связи "часто болеют студенты". Тем не менее, к 1925/26 учебному году Уфимский ИНО в своем составе имел художественную студию, неплохо оборудованные учебные кабинеты по отделениям, опытную школу и общежитие на 200 человек. С каждым годом возрастало ассигнование на содержание Уфимского ИНО: если в 1923/24 учебном году было ассигновано всего 35618 рублей, то в 1925/26 учебном году было отпущено 113142 рубля.

Особую остроту приобрели в те годы вопросы строительства новых учебных заведений, общежитий и обеспечения квартирами преподавателей и сотрудников. Они решались с большим трудом, притом за счет предоставления ИНО старых зданий и жилых помещений, а не путем строительства новых объектов.