Однако научную работу вели главным образом преподаватели гуманитарных предметов. Проблемы естественных наук, из-за отсутствия соответствующей базы, не разрабатывались. Поэтому Уфимский ИНО просил ГубОНО присоединить к нему самостоятельно существующий физический институт, организованный еще в октябре 1919 г., руководителем которого был известный тогда ученый, выпускник Петербургского университета К.П. Краузе.

Непосредственно с институтом народного образования было связано возникшее в 1924 г. в Уфе Башкирское отделение Российского общества распространения естественноисторического образования (РОРЕИО). Общество занималось популяризацией научных знаний среди населения путем организации докладов, выставок, издания листовок и плакатов. Его правление находилось при Уфимском ИНО и к этой работе оно привлекало преподавателей и сотрудников этого учебного заведения. По данным 1926 г. число его членов достигло 164 человек. Председателем отделения Общества был преподаватель естествознания Г.Т. Штехер, ученым секретарем - географ А.К. Носков. Последний, ставший в дальнейшем доцентом БГПИ, активно занимался научными исследованиями, опубликовал более 14 статей о флоре Южного Урала в различных журналах, занимался сбором материалов по географии и ботанике Башкортостана.

Большинство преподавателей естественных предметов разрабатывало проблемы методического характера. Так, П.П. Киснемский, который свою трудовую деятельность начал еще в Уфимском учительском институте, занимался вопросами методики преподавания естествознания и опубликовал статью "О постановке преподавания естествознания на ликпунктах". Г.В. Вахрушев, выпускник Уфимского учительского института, будущий доктор геолого-минералогических наук, уже тогда плодотворно занимался научной работой, подготовив к печати "Геологический очерк Башкирской республики", "Физико-географический очерк Башреспублики".

В Уфимском ИНО организовывались научные семинары - общественный, естественный, физико-математический и литературный. Безусловно, довольно активная научная работа педагогов Уфимского ИНО способствовала к улучшению качества преподавания, повышению уровня подготовки будущих учителей.

Подготовка квалифицированных педагогов из рабочих и крестьян являлась в те годы одной из важнейших задач средних специальных и высших учебных заведений страны, были поставлены вопросы "коренизации" учебных заведений, подготовки кадров специалистов "из представителей ранее угнетенных и бесправных народов". Поэтому формирование контингента студентов было делом первостепенной важности для Уфимского ИНО.

Для улучшения социального состава студентов в 1920/21 учебном году в ИНО были открыты две - младшая и старшая подготовительные группы, на которые было зачислено 108 слушателей, большинство которых составляли дети рабочих и крестьян. Первоначально, как среди студентов, так и слушателей, было очень мало башкир. Так, в 1923/24 учебном году среди студентов и слушателей ИНО числился лишь 1 башкир. С целью положительного решения вопроса о привлечении башкир в Уфимский ИНО, в 1922/23 учебном году была открыта, так называемая, башкирская подготовительная группа, на которую было зачислено 46 человек. Однако и среди них башкир было мало: всего 5 человек. Объясняя малочисленность студентов и слушателей из башкир, руководители уфимского ИНО ссылались на то, что из них "трудно найти достаточно подготовленных учеников". В этих условиях был поставлен вопрос об открытии при ИНО специальной подготовительной группы для лиц, владеющих лишь умением читать и писать для дальнейшего их приема в башкирскую подготовительную группу. В итоге в 1924/25 учебном году на башкирскую подгруппу было принято уже 25 башкир (из 70 человек). В том же учебном году национальный состав студентов Уфимского ИНО выглядел так: башкир - 41, татар - 93, русских - 208 и прочих - 33. В дальнейшем число студентов из башкир постепенно увеличивалось. Так, в 1925/26 учебном году среди студентов и слушателей Уфимского ИНО было 43 башкира, а в 1928/29 учебном году - 68.